1. 菌种纯度与发酵条件
市售纳豆：通常采用纯种纳豆菌（枯草芽孢杆菌）接种，生产过程严格控菌，避免杂菌污染。部分工厂甚至使用医用高压锅灭菌大豆（121℃高温），确保发酵环境洁净。
酸奶机制作：依赖自制菌种（如市售纳豆作为引子或自然环境中菌群），可能引入杂菌；且酸奶机温度控制精度较低（多为40-45℃），通风条件需手动调整（如保鲜膜扎孔、盖子虚掩），可能导致发酵不完全或菌丝生长不足。
2. 营养成分与活性物质
市售纳豆：标准化生产确保功能成分稳定，如纳豆激酶、维生素K2、粗多糖等含量较高，溶解血栓、调节肠道等功效更显著。研究显示，市售纳豆的挥发性盐基氮（TVB-N）含量通常高于自制纳豆，风味更优。
自制纳豆：受菌种和发酵条件限制，纳豆激酶活性可能较低；若使用酸奶机且未严格控温，可能导致部分活性物质（如纳豆激酶）失活。自然发酵的纳豆可能因杂菌影响产生酸臭味或苦味。
3. 外观与口感
市售纳豆：黏液丰富、拉丝明显，豆粒软硬适中，气味浓烈但均匀。部分产品通过工艺改良减少氨味。
自制纳豆：拉丝程度不稳定，可能出现黏液少、豆粒偏硬或过软的情况；气味较新鲜但氨味更明显，冷藏后部分异味会减弱。
4. 便捷性与安全性
市售纳豆：开盒即食，保质期明确（通常冷藏一周），适合快节奏生活。但部分产品可能含添加剂。
自制纳豆：需耗时2天（泡豆、蒸煮、发酵、冷藏熟成），操作不当易腐败变质。需注意容器消毒、豆类蒸透等细节，否则可能引发食品安全问题。
酸奶机制作的纳豆虽能实现家庭自给自足，但在菌种活性、成分稳定性和安全性上逊于市售产品。若追求营养价值和便捷性，建议选择市售纳豆；若享受DIY乐趣或控制成本，自制时需严格遵循步骤（如使用高压锅蒸豆、确保通风）以提高成功率。
